30.07.1992 tarihinde kabul edilerek yürürlüğe giren 3837 sayılı kanunun Ek 9.maddesi ile Zonguldak Karaelmas Üniversitesi kurulmuştur. Aynı zamanda ilgili kanunun 9.maddesinin c fıkrası ile de Zonguldak Karaelmas Üniversitesi bünyesinde Fen Bilimleri Enstitüsü yer almıştır.

1993-1994 eğitim-öğretim yılında faaliyete geçen Enstitümüz halen aşağıda belirtilen Anabilim Dallarında Lisansüstü eğitim hizmeti vermektedir.

- Maden Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Makina Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Jeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Fizik Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Kimya Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Matematik Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Orman Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Orman Endüstri Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- Peyzaj Mimarlığı Enstitü Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Makine Eğitimi Enstitü Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Metal Eğitimi Enstitü Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Mobilya Dekarasyon Eğitimi Enstitü Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Biyoloji Enstitü Anabilim Dalı (Yüksek Lisans-Doktora)

- İnşaat Mühendisliği Anabim Dalı (Yüksek Lisans)

- Çevre Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı (Yüksek Lisans)

- Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Anabilim Dalı (Tezsiz Yüksek Lisans)

    I-  Fizik Öğretmenliği

   II- Kimya Öğretmenliği

   III- Matematik Öğretmenliği

   IV- Biyoloji Öğretmenliği

Enstitümüz idari kadrosunda 1 Müdür, 2 Müdür Yardımcısı, 1 Enstitü Sekreteri, 2 Bilgisayar İşletmeni,2 Memur ve 1 Hizmetli bulunmaktadır.